Trường THCS Nguyễn Trãi (tiền thân là trường Năng Khiếu huyện Nghi Xuân) được thành lập năm 1999 theo Quyết định số 157-1999/QĐ/UB ngày 22/8/1999 của Ủy ban nhân dân huyện Nghi Xuân, đóng trên địa bàn Khối 1, thị trấn Nghi Xuân (nay là thị trấn Tiên Điền), huyện Nghi Xuân, tỉnh Hà Tĩnh. Năm học 1999 - 2000 trường có 23 lớp, 42 CB - GV - NV được nhập từ trường Năng Khiếu huyện Nghi Xuân và trường THCS Xuân Giang, hiện nay trường có 22 lớp, 46 CB - GV - NV. Với sự nỗ lực không ngừng của CB - GV - NV và học sinh qua từng thế hệ, năm học 2004 - 2005 trường THCS Nguyễn Trãi trở thành trường THCS đầu tiên của huyện Nghi Xuân được công nhận là trường chuẩn quốc gia, đạt danh hiệu tập thể lao động xuất sắc được UBND tỉnh tặng bằng khen, là cái nôi đào tạo, bồi dưỡng học sinh giỏi cấp huyện, cấp tỉnh, cấp quốc gia, quốc tế và tương đương của huyện nhà, kết quả tuyển sinh vào lớp 10 THPT luôn nằm trong tốp đầu toàn tỉnh. Năm 2015 UBND huyện đã có Tờ trình số 254/TTr-UBND ngày 27/10/2015 về việc đề nghị thông qua đề án "Xây dựng trường trọng điểm giai đoạn 2016 - 2020 và những năm tiếp theo", đã được HĐND huyện thống nhất thông qua Nghị quyết số 84/2015/NQ-HĐND ngày 29/12/2015 xây dựng trường THCS Nguyễn Trãi thành trường trọng điểm cấp THCS của huyện nhà. Trường có tổng diện tích 12.580 m2, có đủ các phòng học kiên cố, khối phòng chức năng, khối hành chính quản trị, khu sân chơi bãi tập, hệ thống thiết bị, đồ dùng phục vụ cho việc giảng dạy và học tập. Đội ngũ cán bộ quản lý có năng lực, phẩm chất đạo đức tốt, có tầm nhìn chiến lược và khả năng tạo dựng sức mạnh tập thể cao. Đội ngũ giáo viên, nhân viên đủ về số lượng, trình độ chuyên môn vững vàng, nhiệt tình và tâm huyết với nghề, có nhiều giáo viên là cốt cán cấp huyện, cấp tỉnh.

Trường THCS Nguyễn Trãi hoạt động dựa trên Điều lệ trường trung học do Bộ GD - ĐT ban hành kèm theo Thông tư số 12/2011/TT-BGDĐT ngày 28/3/2011. Trong những năm qua, nhà trường luôn có những học sinh vượt trội về các môn văn hóa, thể dục, thể thao, nghệ thuật được cấp có thẩm quyền công nhận. Kết quả cụ thể hàng năm như sau:

Năm học 2015 - 2016: Học sinh giỏi Olympic cấp huyện 259 em; Học sinh giỏi tỉnh 28 em; Học sinh giỏi quốc gia 4 em. Học sinh giỏi môn thể dục 8 em.

Năm học 2016 - 2017: Học sinh giỏi Olympic cấp huyện 282 em; Học sinh giỏi tỉnh văn hóa 23 em, casio 2 em, vận dụng kiến thức liên môn 4 em đạt giải cấp tỉnh và 4 giải khuyến khích cấp quốc gia. Thi Tiếng Anh qua mạng 10 em đạt cấp tỉnh 3 em đạt giải quốc gia.

Năm học 2017 - 2018: Có 231 học sinh giỏi huyện, trong đó có 28 giải nhất, 38 giải nhì 66 giải 3 và nhiều giải khuyến khích. Có 25 học sinh giỏi tỉnh.

Năm học 2018 - 2019: Trường có 8 em đạt học sinh giỏi quốc gia, 22 em đạt giải học sinh giỏi cấp tỉnh. Học sinh giỏi Olympic cấp huyện 218 em; Đặc biệt trong cuộc thi Tìm kiếm tài năng toán học trẻ có 2 em đạt huy chương vàng, 1 em đạt huy chương đồng. Thi viết thư pháp đạt giải nhất, giải nhì thi Tin học trẻ không chuyên, giải nhì thi tìm hiểu thân thế, sự nghiệp danh nhân Nguyễn Công Trứ. Thi thể dục thể thao 8 em đạt giải cấp huyện và 3 em đạt giải tỉnh. Đặc biệt hai học sinh đạt giải ba quốc gia cuộc thi Sáng tạo thanh thiếu niên nhi đồng toàn quốc.

Năm học 2019 - 2020: 13 giải học sinh giỏi Quốc Gia và tương đương trong đó có 4 Huy chương Vàng, 4 huy chương đồng, 2 giải ba toàn quốc về Sáng tạo TTNNĐ, 1 giải nhất về cuộc thi Câu lạc bộ Toán tuổi thơ, 1 giải bạc thi giải toán qua thư ở Tạp chí Toán tuổi thơ 2 và 1 giải ba thi Tài năng Anh ngữ Việt Nam. HSG Tỉnh đạt 20 em trong đó 2 giải nhất; 6 giải nhì; 8 giải ba và 4 giải khuyến khích. Năm nay Phòng Giáo dục chỉ tổ chức thi Olympic cấp Huyện cho học sinh khối lớp 8 và trong kì thi này trường có 51 em đạt giải. Về TDTT cấp huyện đạt 40 em, trong đó Bóng đá đạt giải nhì; bóng chuyền giải nhất. Hội khỏe phù đổng cấp huyện đạt đơn vị xuất sắc. Cuộc thi KHST cấp huyện đạt 2 em. Tổng số HSG huyện đạt 93 em.